ഭക്തജനങ്ങളെ, ഏതാണ്ട് 4000 കൊല്ലങ്ങള്‍ക്ക് മുമ്പ് പരശുരാമന്‍ നിര്‍മ്മിച്ചതാണ് ശ്രീ വരാഹമൂര്‍ത്തി ക്ഷേത്രം എന്ന് ഐതിഹ്യങ്ങളില്‍ കാണുന്നു. അന്നു മുതല്‍ ഏകദേശം 3000 കൊല്ലത്തോളം അത് മലയാളപ്രദേശത്തെ പ്രധാനക്ഷേത്രമായി കരുതപ്പെട്ടിരുന്നു.
ബ്രാഹ്മണര്‍ കേരളം ഭരിച്ചിരുന്ന കാലം മുതല്‍ പെരുമാക്കന്‍മാരുടെ ഭരണം അവസാനിച്ച് ഉദ്ദേശം രണ്ട് നൂറ്റാണ്ടോളെ 1300 വര്‍ഷത്തോളം കേരളദേവന്‍ ആയി ആരാധിച്ചിരുന്നത് അന്ന് മലയാള ദേശത്തിലെ പ്രമുഖ ഗ്രാമമായിരുന്ന പന്നിയൂരിന്‍റെ ഗ്രാമദേവതയായിരുന്ന ശ്രീ വരാഹമൂര്‍ത്തിയായിരുന്നുവത്രേ.
ഇവിടെ എല്ലാ ദിവസവും ത്രികാല പൂജ നടക്കുന്നു.